Huyện được thành lập năm 1890, lúc đó tên là Khlong Cha Un (คลองชะอุ่น). Sau này đã được đổi tên thành Phak Phanom (ปากพนม), do trụ sở huyện đã được dời đến Phak Phanom, và tên được rút ngắn thành Phanom. Năm 1910, huyện bị hạ cấp thành một tiểu huyện (king amphoe) trực thuộc Khirirat Nikhom.[1] Ngày 14 tháng 11 năm 1971, tiểu huyện này được nâng thành huyện.[2]